В случае длительного отсутствия зубов, либо предшествующего травматичного улаления зуба у пациентов может наблюдаться дефицит костной ткани, либо тканей десны. Поэтому довольно часто есть необходимость в их восполнении . В зависимости от вида и объема дефекта тканей операции по их наращиванию могут быть выполнены как в сочетании с установкой имплантов, так и в качестве отдельной операции.

Для костной пластики (аугментации) используется специальная рассасываемая коллагеновая мембрана, а также костный материал, в качестве которого может служить аутокость (взятая у самого пациента), либо готовый сертифицированный костный препарат, выпускаемый различными фирмами.

В области боковых зубов на верхней челюсти дефицит костной тканей по высоте чаще всего связан с низким расположением дна гайморовой пазухи. Наращивание кости в этой области осуществляется за счет поднятия уровня пазухи на нужное расстояние с заполнением образовавшегося пространства костным материалом. Такая операция  называется "синус лифтинг". Он может быть открытым, когда со стороны полости рта формируется "окошко" в гайморову пазуху без повреждения её внутренней выстилки, таким образом, вся операция производится под визуальным контролем. Открытый синус-лифтинг используется в случаях отсутствия нескольких зубов в боковом отделе верхней челюсти. Существует также закрытый синус-лифтинг, когда поднятие кости осуществляется через формируемое для импланта костное ложе, он проводится как правило в области 1-2 отсутствующих зубов, в ситуациях с минимальным дефицитом кости.

Восполнение недостатка тканей десны может осуществляться либо за счет пластического перемещения их с соседних участков, либо за счет пересадки свободного десневого лоскута, чаще с нёба. Для того, чтобы заживление донорской раны на нёбе происходило более гладко и для большего комфорта для пациента в послеоперационном периоде  целесообразнее до операции изготовить специальную защитную пластинку. Она будет защищать донорскую рану от травмирования пищей и уменьшит болевые ощущения.

Хирургические методы зубосохраняющего лечения используются не так часто в связи с развитием имплантации, однако в определенных ситуациях помогают спасти зубы от удаления. К ним относятся: операция резекции верхушки корня зуба (когда очаг воспаления на корне убирают через десну вместе с верхушкой корня зуба) и пародонтологические операции - закрытый и открытый кюретаж пародонтальных карманов, лоскутные операции. Резекция верхушки корня подразумевает удаление воспалительного очага в области верхушки корня зуба через десну, при этом верхушка корня удаляется во избежание рецидива.